Mikrobiyota Analizleri

Diagen olarak Mikrobiyota projelerinizi yurt içinde illumina sistemlerini kullnarak ve sahip olduğumuz gelişmiş server altyapı sistemimiz ile gerçekleştiriyoruz. Gaita, mekonyum, anne sütü, vajinal swab, serviks swab, ağız swab, ve cilt sürüntü örnekleri üzerinde mikrobiyota çalışması yapılmaktadır.

Illumina sistemleri ile yapılan yeni nesil dizileme sonuçları ham veri olarak cihazdan alınır ve İnsan Mikrobiyom Projesin’de kullanılan, açık kaynak olarak yayınlanan ve kendi geliştirdiğimiz araçlar ile en güncel mikrobiyom veri tabanları (Silva, greengenes ve diğerleri) kullanılarak işlenir. (ayrıntılı sonuçlar ve görseller için bkz. “Örnek Rapor”).

Analizler ve veri görselleştirmeleri için Python ve R yazılım dilleri kullanılmaktadır. (Proje kapsamında gerçekleştirilen analizlerin listesi için bkz. “İstatiksel Analizler”)

Mikrobiyota Projelerindeki Çalışma Ana Başlıklarımız;

• Proje Ön Hazırlığı İçin Danışmanlık
• Numunelerin Uygun Koşullarda (-80°C) Muhafaza ve Transferi
• Nükleik Asit Saflaştırma İşlemleri
• Dizileme(NGS)
• Biyoinformatik Analiz

• Ham Data (Sanger ve NGS) Analizleri
  Ham Datanın Temizlenmesi
  Kalite Skorlarının Belirlenmesi
  Hizalama İşlemleri

• Veri Madenciliği
  Yolak Analizleri
  İstatistiksel Modelleme

• Biyoistatistik
  Power (Güç) Analizleri
  Alfa- Beta Çeşitlilik
  Yoğunluk Tabloları
  Parametrik ve Non- Parametrik Testler
  Korelasyon ve Regresyon Testleri

• Sonuçların Yorumlanması Üzerine Eğitim